গণহত্যার অভিযোগে সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে আদালত ও বিভিন্ন থানায় একাধিক মামলা হয়েছে। এসব মামলায় সাবেক সড়ক পরিবহন ও সেতুমন্ত্রী ওবায়দুল কাদের, সাবেক স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী আসাদুজ্জামান থান, সাবেক আইজিপি চৌধুরী আবদুল্লাহ আল মামুনসহ পুলিশের ঊর্ধ্বতন কর্মকর্তাদের আসামি করা হয়েছে। এসব মামলা আমলে নিয়ে আদালত তদন্তের নির্দেশ দিয়েছেন।
১৯ জুলাই কোটা সংস্কার আন্দোলনে অন্যান্যদের সাথে মিছিলে বের হয়েছিলেন মোহাম্মদপুরে দারুন্নাজাত ইসলামীয়া মাদ্রাসার চতুর্থ শ্রেণীর শিক্ষার্থী জুবায়ের হোসেন ইমন। সন্ধ্যায় র্যাব একটি হেলিকপ্টার থেকে ছড়া গুলি ইমনের বাম কানের উপর দিয়ে প্রবেশ করে চোয়াল ভেদ করে বেরিয়ে যায়। হাসপাতালে নেয়া হলে মৃত ঘোষণা করেন চিকিৎসক।
হেলিকপ্টার থেকে স্নাইপার দিয়ে গুলি করে হত্যার অভিযোগে সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা সহ ১৪ জনের বিরুদ্ধে ঢাকার সিএমএম কোর্টে মামলা দায়ের করেন শিশুটির মামা আব্দুল্লাহ আল সাঈদ।
মামলাটি আমলে নিয়ে মোহাম্মদপুর থানা কে তদন্তের নির্দেশ দিয়েছেন মেট্রোপলিটন ম্যাজিস্ট্রেট রাজেশ চৌধুরী। মামলায় সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা কে ছাড়াও আওয়ামী লীগের সাধারণ সম্পাদক ওবায়দুল কাদের, সাবেক স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী আসাদুজ্জামান খান, সাবেক আইন মন্ত্রী আনিসুল হক সহ ৫ মন্ত্রী ও পুলিশ র্যাবের ঊর্ধ্বতন কর্মকর্তাদের এই হত্যাকাণ্ডের নির্দেশদাতা হিসেবে আসামি করা হয়।
৫ আগস্ট রাজধানী শেরে বাংলা এলাকায় শাহাবুদ্দিন নামে এক যুবককে হত্যার নির্দেশ দাতা হিসেবে সাবেক প্রধানমন্ত্রীসহ পাঁচজনের বিরুদ্ধে আরেকটি মামলা দায়ের করা হয় আদালতে। মামলাটি আমলে নিতে শেরেবাংলা নগর থানা কে নির্দেশ দেন আদালত।
এদিকে গণহত্যার দায়ে শেখ হাসিনা সহ সাতজনের বিরুদ্ধে রাজধানীর শাহবাগ থানায় আরেকটি মামলা দায়ের করেন, আন্দোলনে নিহত ইসনামুল হকের ভাই মহিবুল হক। গত ৫ আগস্ট কেন্দ্রীয় শহীদ মিনারে বৈষম্য বিরোধী ছাত্র আন্দোলনের অবস্থান কর্মসূচিতে গুলিবিদ্ধ হন ইসনামুল হক। পরে ঢাকা মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে নেয়া হলে মারা যান তিনি।
মামলায় শেখ হাসিনা ছাড়াও সাবেক স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী আসাদুজ্জামান খান, সাবেক আইজিপি চৌধুরী আব্দুল্লাহ আল মামুন, সাবেক ডিএমপি কমিশনার হাবিবুর রহমান, সাবেক অতিরিক্ত পুলিশ কমিশনার হারুনুর রশিদ, সাবেক সহকারি পুলিশ কমিশনার শুভ্র দাস ও সাবেক সহকারি পুলিশ কমিশনার ইমরুল ইসলামকে আসামি করা হয়।